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circbase

 

今年以来,国内环状RNA(circRNA)的研究热潮不断升温,越来越多的circRNA如春笋般涌现出来。由于circRNA的结构特殊性,如何采用定量PCR技术对circRNA平行验证成为当下一个热点问题。今天,小编邀请技术部的刘建宁老师继续为大家实例讲解circRNA的引物设计。由于内容丰富,circRNA的引物设计将分上下两篇呈现给大家。

 

言归正传,我们以环状RNA数据库circbase(http://circbase.org/)中收录的hsa_circ_0063162为例,为小伙伴详细介绍从circRNA序列获取到引物设计的全过程。马上动手试试吧!

 

CircRNA信息查找

 

首先访问circbase数据库(http://circbase.org/),如下图所示。
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在Search上方的框中输入:hsa_circ_0063162,点击Search进行查找,查找结果如下图示。

 

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CircRNA序列下载

 

3.点击position (genome browser link)

 

项目下的“chr22:36889679-36889850”,操作界面会跳转至UCSC数据库,界面如下图所示。

 

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4.点击界面左方

has_circ_0063162

has_circ_0063163

按钮,会打开新的界面,如下图所示。

 

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5.点击View DNA for this teature(hg19/Human) 按钮,进入序列下载界面,如下图所示。
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6.按照默认参数,点击get DNA按钮获取序列,进入界面如下图所示。

 

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7.将序列复制粘贴至记事本(.txt)中即获取了所需的circRNA序列信息。小伙伴你会了吗?试试获取其他的circRNA序列吧!

 

circRNA-moban

25 条评论

  • LouisK66 2018-08-31

    您好 我想请教一下两个问题:
    1、在circbase按Position的连接后,出现了Internal Server Error的提示未能转到ucsc数据库。
    2、即使我在ucsc手动输入Position的资料,ucsc genome browser也没显示环状RNA的选项,请问是在哪开启这个选项?研究了很久也找不到。

    (点击界面左方

    has_circ_0063162

    has_circ_0063163) 【这个选项并未显示。】

    谢谢!

  • Eric0928 2018-11-07

    您好,我想问一下为何我在跳转至UCSC数据库后,左侧没有circ rna 的名称,无法进入序列下载页面啊

  • xioabai 2018-11-15

    一般在哪些数据库中查找差异性circRNA,谢谢!

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