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circRNA

 

做科研要有效率,互联网有很多有用的工具可以被利用,如果你还傻傻埋头干那是太不应该了,今天和大家介绍20款经典的在线工具,了解这些工具对

我们的科研有事半功倍的作用。

 

Promoter Scan

功能:启动子预测

网址:https://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/

 

1

 

ORF Finder

功能:ORF预测

网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/

2

NCBI-BLAST

功能:序列比对

网址:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

3-1 3-2

MUSCLE

功能:运行速度比较快的多序列比对

网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/#

 

4

 

Clustal Omega

功能:DNA、RNA、蛋白的多序列比对

网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/

5

 

ClustalW2

功能:应用较广泛的多序列比对

网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/

6

T-Coffee

功能:准确度高,速度慢的多序列比对

网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/tcoffee/

7

 

 

SimiTriX-SimiTetra

功能:多序列比对相似性展示

网址:http://cotton.hzau.edu.cn/EN/tools/BioERCP/simitrix.php

8

Venn图

功能:绘制Venn图

网址:http://www.biovenn.nl/index.php

9

Venn图

功能:绘制Venn图

网址:http://bioinformatics.psb.ugent.be/cgi-bin/liste/Venn/calculate_venn.htpl

10

Venn图

功能:绘制Venn图

网址:http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

11

 

WEGO

功能:绘制GO注释结果图

网址:http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl

12

CIRCOS

功能:绘制圈图

网址:http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/

13

 

CIRCexplorer

功能:进行circRNA分析

网址:http://circexplorer2.readthedocs.io/en/latest/

14

iPath

功能:进行可视化通路图在线分析

网址:http://pathways.embl.de/

15

15-1

 

KEGG

功能:进行基因的代谢通路注释

网址:http://www.kegg.jp/blastkoala/

16

UCSC

功能:进行基因组可视化

网址:http://genome.ucsc.edu/index.html

17

 

IBS

功能:进行序列结构示意图绘制

网址:http://ibs.biocuckoo.org/online.php

18

RAP

功能:在线分析RNA-seq

网址:https://bioinformatics.cineca.it/rap/

19

 

AUGUSTUS

功能:基因外显子内含子,UTR,注释

网址:http://bioinf.uni-greifswald.de/webaugustus/prediction/create

 

20

 

GSDS

功能:基因外显子内含子,UTR,domain等区域特征展示

网址:http://gsds.cbi.pku.edu.cn/

 

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circRNA-moban

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