(小张聊科研|微信公众号)
今年4月8日,Cell Research(IF 15.61)杂志发表了四川大学华西医院Yong Peng为通讯作者的Letter文章:
Circular RNA F-circEAproduced from EML4-ALK fusion gene as a novel liquid biopsy biomarker for non-smallcell lung cancer. Cell Res. 2018 Apr 08
作为一篇Letter,文章非常精炼。研究主要发现了一条来自融合基因EML4-ALK的新环状RNA F-circEA,F-circEA主要定位于胞浆,功能上能促进细胞增殖迁移,而不影响细胞增殖。有意思的是,在临床意义上,F-circEA能在EML4-ALK基因融合阳性的NSCLC患者血清中检测到(样本量为6例)。因此我们看到从文章的题目看出来F-circEA有可能作为EML4-ALK阳性非小细胞肺癌患者液态活检的新型标志物。
EML4-ALK基因融合产生环状RNA F-circEA的检测及细胞内定位(胞浆)
F-circEA沉默抑制肺癌细胞侵袭与迁移
F-circEA在EML4-ALK基因融合的NSCLC患者组织和血浆样本中的表达检测
其实关于融合基因产生的circRNA,在2016年还有一篇Cell文章:OncogenicRole of Fusion-circRNAs Derived from Cancer-Associated ChromosomalTranslocations. Cell 2016 Apr 07 ;165(2)
这篇文章主要研究了通过染色体转位产生的两条融合f-circRNA:急性早幼粒细胞性白血病(APL)中的f-circPR(PML/RARa基因融合产生)和急性髓细胞白血病(AML)中的f-circM9(MLL/AF9基因融合产生),这两条f-circRNA促进了细胞恶性转化、存活和化疗抵抗。
f-circPR和f-circM9的产生和检测
在功能上,f-circPR和f-circM9基因沉默后细胞的增殖能力降低,因此f-circPR和f-circM9发挥促进白血病细胞恶性转化的功能:
在动物水平f-circPR和f-circM9也发挥促进白血病进展和化疗抵抗的功能:
最后是f-circRNAs的产生和对肿瘤进展的影响示意图:
好,上面我们说了Cell Research和Cell杂志的两篇文章,主要讲的是融合circRNA(f-circRNA)这个概念及这些f-circRNA在肿瘤中的进展。其实关于基因融合已经有现成的数据库了,比如:
FARE-CAFE:http://ppi.bioinfo.asia.edu.tw/FARE-CAFE/index.html
ChimerDB:http://203.255.191.229:8080/chimerdbv31/mindex.cdb
大家可以结合这些数据库和circRNA的信息研究一下:
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