circRNA数据库
环状RNA(circRNA)常用在线数据库汇总
简介：circBase探索公共circRNA数据集和下载，发现在自己的（RIBOMINUS）RNA测序数据circRNAs需要自定义Python脚本。
二 http://starbase.sysu.edu.cn/mirCircRNA.php
简介：circRNABase是专为从数以千计circRNAs和108 CLIP-SEQ（HITS-CLIP，PAR-CLIP，iCLIP，CLASH）数据集进行解码的miRNA-circRNA相互作用网络。
三 http://regrna.mbc.nctu.edu.tw/php/prediction.php
四 http://gyanxet-beta.com/circdb/
简介：Circ2Traits收集可能与疾病和性状相关环状RNA的综合数据库，该数据库通过预测miRNAs和人类的蛋白质编码基因、长链非编码基因及环状RNA间的相互作用关系，构建了相互作用网络, 并对miRNAs-circRNA相互作用组中的蛋白编码基因进行了ＧＯ富集分析；此外，将与疾病相关的SNPs位点定位到circRNA基因座上，并鉴定了环状RNAs上的Ago相互作用位点。
五 http://circinteractome.nia.nih.gov/
简介：该数据库预测了已知的109个RNA结合蛋白数据集与circbase中的circRNA的结合位点，并利用Targetscan软件预测了miRNAs与circRNA的潜在结合位点。
六 http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/
简介：利用464个RNA-seq测序数据，进行新circRNA预测及基因组注释，并计算已知的及新预测的circRNA表达情况，构建circRNA-miRNA-genet调控网络，以上信息均可从该数据库获得。
七 http://deepbase.sysu.edu.cn/
简介：该数据平台收集了大约15万多的circRNA基因（人、鼠、果蝇、线虫等），并构建了最全面的circRNA的表达图谱。
八 http://reprod.njmu.edu.cn/circrnadb
首个汇总可编码蛋白的环状RNA数据库，共收集了32914条人类外显子环状RNA记录，每条记录都包括基因组位置信息，RNA编辑情况，所对应的基因组序列，IRES序列元件，预测的ORF以及相关的参考文献。作者发现了有16328条环状RNA包含了编码超过100个氨基酸的ORF，其中7170种环状RNA存在IRES序列元件，基本符合翻译蛋白的特征 ⌈详细介绍⌋
九 http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/
中科院上海生科院计算生物学研究所杨力研究组利用建立的高效环形RNA分析流程CIRCexplorer2，对多种（目前主要是人和小鼠）组织和细胞系样品中的环形RNA进行计算生物学预测分析，并进一步构建了CIRCpedia数据库，对环形RNA分子中的可变反向剪接（可变环化）和可变剪接进行归类，以便相关研究人员使用。⌈详细介绍⌋
十 http://gb.whu.edu.cn/CSCD （cancer-specific circRNA database）
CSCD数据库从ENCODE中收集了19种肿瘤类型的87种细胞系及141种正常细胞的circRNA数据，构建了该数据库。总共汇总得到了272152种肿瘤特异性的circRNAs，950962种正常细胞特异的circRNAs，还有170909种为肿瘤和正常样本共有的。CSCD数据库可以预测circRNA亚细胞定位、MRE、RBP、ORF、相关基因可变剪切分析，CSCD还提供了到UCSC浏览器及circBase的链接，并且给出了每个样本和每个算法中预测得到的junction reads数以及相应的均一化表达量SRPTM，可以方便地进行不同样本的环状RNA丰度比较【查看更多】
十一 http://app.cgu.edu.tw/circlnc/
整合lncRNA和circRNA的功能网络的在线分析数据库
circlncRNAnet 在线数据库由我国台湾科学家创建的关于lncRNA和circRNA功能研究的数据库，本人试用后发现该数据库非常实用，对科研课题的数据挖掘可以起到事半功倍的作用，是近年来ncRNA领域不可多得的在线友好数据分析工具。
总结起来该数据库主要有如下三大优点：
1、 用户可提交分析自己的lncRNA和circRNA芯片或测序的表达数据；
2、 整合了TCGA数据库20多个肿瘤类型数据，无需编程实现在线可视化分析；
3、 分析模块非常丰富，包括lncRNA组织表达热图、箱线图、共表达散点图、circos图，基因功能富集分析GO和KEGG图，还有RBP-RNA结合蛋白网络图，miRNA网络图等；
十二、http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/
Cell Death and Disease以Letters形式发表了北京天坛医院神经外科江涛主任为通讯作者的文章，发布了一个收集人类疾病相关circRNA的数据库：circRNA disease [1]
circRNA Disease数据库的检索方式可以通过circRNA ID/name、circRNA host gene和疾病名称。 具体的circRNA记录包括circRNA基础信息项，相关疾病信息，PubMed链接。circRNA的ID号也做了circBase的链接，可以直接前往circBase数据库。
