外泌体是由大多数细胞分泌的纳米级内吞囊泡,含有丰富的不同RNA种类,可以调节受体细胞的行为,可以用作疾病的循环生物标志物。
今天我们来介绍一个人血液外泌体中RNA的数据库——exoRBase,它可以帮助我们迅速获取来自人血液外泌体的RNA-seq数据分析得到的circRNA,lincRNA以及mRNA的信息—exoRBase:a database of circRNA, lncRNA and mRNA inhuman blood exosomes.
网址:http://www.exorbase.org/
在具体使用上,我们可以浏览,这里我们可以选择circRNA或者lncRNA和mRNA进行浏览。
对于lncRNA和mRNA,数据库提供了“组织特异性”选项,用于选择在一个组织中特异性表达的lncRNA和/或mRNA,这帮助我们选择从某些特定组织产生的血液外泌体中的RNA候选物。
这里我们以肝细胞癌(HCC)为例,选择在肝脏中特异性表达:
点击search后的结果:
这里我们可以看到在肝脏组织中特异性表达的基因名称,基因类型,检测频率,表达等级,组织特异性,特异性分数,样本类型等等。
接下来是搜索search功能:
我们通过点击lncRNA and mRNA,以TRAF3,GAB2,SNX1这三个基因为例,点击search后得到基因在各个样本中的表达线图:
通过点击Heatmap chart我们可以得到基因在样本中表达的热图:
还可以对数据进行展示:
点击GAB2得到此基因的详细信息:
通过点击GAB2基因的图片图标,得到箱式图:
可以直观地反应GAB2基因在样本中的表达情况。
最后我们可以下载每个样本和组合样本中circRNA,lncRNA和mRNA的表达谱以进行定制分析。
例如,我们下载HCC_circRNA的表达谱后得到:
我们还可以对RNA详细信息的注释文件以及实验验证的文件进行下载
例如,circRNA的注释文件如下:
实验证实的文件:
好啦,这个数据库就介绍到这里了,希望对大家有帮助哦!
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