转自:云序生物课堂(微信公众号)
文章导读
超强子调控circRNA-Nfix缺失诱导成年小鼠心肌梗死后再生
技术路线
(2)circNfix下调可诱导心肌梗死后心脏再生:心肌梗死前、梗死后1、14、28天超声心动图分析心功能(A)。射血分数的定量分析(EF)及缩短分数(FS)(B-C)。小鼠体内转染sh-circnfixo28天后的小鼠心脏得分(D)。心肌梗死后14、28天小鼠心室横切面TTC染色(E)。心肌梗死后14天和28天Masson染色的心脏切片代表性图像(F)。心脏切片中纤维化区域的定量分析(G)。心肌梗死后shcircNfix组Kaplan-Meier生存曲线分析(H)。
转录因子:
(1)转录因子Meis1通过结合Nfix位点的SE驱动circNfix表达:H3k27ac、H3k4me1和H3k27me3在人心脏组织Nfix位点的ChIP-seq谱(云序生物提供该服务)(A)。H3k27ac、H3k4me1、H3k27me3、P300、DNA超敏(DHS)、Meis1及PhastCons在小鼠心脏组织Nfix位点的保守性评分,以及小鼠CMs中H3k27ac ChIP-seq(云序生物提供该服务)(B)。SE与circNfix启动子区looping事件的3C-qPCR分析(C)。四种成分增强子(E1、E2、E3、E4)构建的pgl3启动子报告载体荧光素酶检测(D)。Meis1沉默后P7 CMs中野生型E2和突变E2的荧光素酶活性(E)。circNfix-SE中孵育Meis1结合位点被DIG-ddUTP标记寡核苷酸探针后,P7 CMs中提取的核蛋白的EMSA结果(F)。ChIP-qPCR(云序生物提供该服务)检测显示Meis1结合位点在circNfix-SE中扩增(G)。QRT-PCR检测Meis1基因敲除后P7 CMs中circNfix和Nfix mRNA的表达水平(H)。RNA FISH 检测Meis1基因敲除后P7 CMs中circNfix的亚细胞定位(I)。EdU染色检测Meis1和circNfix干扰后对P7 CMs增殖的影响(J)。
结合蛋白:
(2)CircNfix与Ybx1结合并促进其降解:circNfix和对照组的蛋白质谱分析(A)。采用Ybx1、Nedd4l或阴性IgG抗体进行RIP实验(云序生物提供该服务)(B)。P0 CMs中过表达circNfix后Ybx1蛋白表达水平(C-D)。qRT-PCR检测P0 CMs中Ybx1 mRNA表达水平(E)。RNA FISH在P0 CMs中过表达和不表达circNfix时, circNfix和Ybx1的亚细胞共定位(F)。分馏实验表明,circNfix过表达促进了Ybx1在细胞质中的易位,增加了Ybx1在细胞质中的降解(G)。在circNfix和Ybx1干扰后,细胞周期蛋白A2和细胞周期蛋白B1的表达水平(H)。ChIP-qPCR(云序生物提供该服务)检测显示,cyclin A2和cyclin B1启动子中Ybx1结合位点扩增(I)。细胞裂解物用抗Ybx1抗体免疫沉淀,用泛素(Ub)特异性抗体、抗Ybx1抗体或抗nedd4l抗体免疫印迹分析进行WB分析。过表达circNfix的CMs中Ybx1蛋白表达水平(K-L)。
ceRNA机制:
(3)circNfix与miR-214的相互作用:预测miR-214和miR-761能够与circNfix结合(A)。成年小鼠心脏中下调circNfix后,miR-214和miR-761的表达(B)。双荧光报告实验检测miR-214和circNfix能够直接结合(C)。RNA pull-down(云序生物提供该服务)实验检测circNfix能够拉下miR-214(D)。RNA FISH实验检测P0 CMs中,miR-124和circNfix能够共定位在胞质中(E)。RNA FISH实验检测P0 CMs中,miR-124和Gsk3β能够共定位在胞质中(F)。双荧光报告实验检测miR-214和Gsk3β 3’UTR直接结合(G)。WB检测干扰circNfix后Gsk3β蛋白的表达水平(H)。WB检测干扰或过表达miR-124后Gsk3β蛋白的表达水平(I)。WB检测干扰circNfix和miR-214后Gsk3β蛋白的表达水平(J)。CMs中,干扰circNfix后β-catenin的表达水平(K)。CMs中,干扰Meis1后Meis1和 Gsk3β的表达水平(L)。CMs中,干扰Meis1和circNfix后GSK3β的表达水平(M)。干扰circNfix, Ybx1, miR-214 和 Gsk3β后,P7 CMs进行pH3 和 Aurora B免疫染色(N)。
https://www.ahajournals.org/doi/pdf/10.1161/CIRCULATIONAHA.118.038361
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