现在要说RNA界谁最火，那当属circRNA小朋友了，现在的circRNA那是人见人爱，花见花开的人气网红。才刚刚崭露头角，就有好多算法界的新贵们开始对它进行鉴定，但是circRNA的鉴定一直以来都是百家争鸣，各自为政，都有自己的金钥匙，却又不一致。选择太多，让人着实头疼呀~~到底鉴定circRNA哪家强呢？小编测试比较了10余款软件，精心挑选出circRNA鉴定的利器-CIRI。该款软件于2015年由中科院的赵方庆团队开发出来的，文章发表在Genome Biology（IF=11.3），有兴趣的小伙伴们可以细细研读一下。好啦，下面小编带领大家一睹CIRI的风采吧！

关于circRNA，已有不少问报道，本站也更新了不少相关的内容：circRNA的来源、形成以及作用机制等内容

我们为什么要选CIRI呢，可不是因为她是巫师猎人的女主，自带主角光环哟，主要是以下几个方面让她在众多佳丽中脱颖而出：
使用简单，运行时间短；

灵敏度高，不依赖于基因组注释信息；

构建多重筛选策略，降低嵌合体及套索结构导致的假阳性；

受到审稿人青睐。这点太霸气啦！

原理

CIRI 整体的原理框架图小编先给大家奉上，后面的具体原理我们分步讨论。

第一步是基于PCC信号检测balanced junction reads。剪接位点的reads大家都知道，那PCC信号又是什么鬼，且听小编娓娓道来。首先CIRI是基于比对后的SAM文件，那小伙伴们都知道SAM文件有固定的格式，其中就有一列被称之为CIGAR值，它的来头可是不小，自称简要比对信息表达式，具有记录插入，删除，错配以及Splice junction信息等诸多功能，而它也对junction位点情有独钟，CIGAR值反应在junction reads上的特征是xS/HyM(上游)，xMyS/H(下游)，一个典型的junction 上会有成对的这样的比对记录，称之为PCC信号。因此CIRI在这一步发挥的功能就是检测balanced junction reads啦！（大家请看下图）

第二步是基于PEM和GT-AG信号过滤junction reads。好吧又出现了PEM这个未知生物。那什么是PEM通路呢？一个候选的junction reads 看做是一个circRNA，那必须要满足它的paired reads 都要比对上我们前期所鉴定的候选circRNA区域内。这样的信号我们就称之为PEM信号啦。下面这幅图更能帮助大家理解哟~~

第三步是基于DM算法检测unbalanced junction reads。这一步CIRI通过扫描第二次SAM文件，任何map到假定的circRNA junction区域内的junction reads 都会用DM算法去判断前一个是否支持一个circRNA的junction区域。同时也会更进一步过滤和阻止同源基因相似性以及重复序列造成的假阳性。

使用说明

CIRI的使用只需三步，只需三步哟，非常方便，快捷入手。

首先，利用BWA建索引，
然后，利用BWA-MEM比对，
最后呢，CIRI perl脚本一锤定音。

这里小编多说一句，之所以用BWA-MEM是因为它的比对更为严格，对于SAM文件的处理更为精准。下面有个列子供大家参考哟，是不是很贴心，很暖男！

Step1：bwa index -a bwtew ref.fa
Step2：bwa mem -T 19 ref.fa hg_1.fastq hg_2.fastq
Step3：perl CIRI_v2.0.3.pl -I aln-pe.sam -O out.ciri -F ref.fa -A ref_genome.gtf

小编还得嘱咐大家几句，没招儿，天生的操心命，step2中的-T 是输出结果比对得分的阈值，默认值是30，而我们通过大部分数据测试，发现19这个值最好，可以提高CIRI的敏感性，哇，好腻害，以后小编的幸运数字就改成19啦。
结果输出
CIRI的输出也是十分给力，不仅能够知道circRNA的起始终止，染色体信息，对应的host基因，更能够提供circRNA的类型以及junction reads数以及非junction reads数,可用来估算表达量。废话少说，直接上图。

小结

鉴定：一般采用CIRI和CIRCexplorer联用的方式来鉴定circRNA。多款软件测序后精心挑选最佳方案！

今天小编就给大家介绍到这里，小伙伴们如有疑问可以在下方留言，小编一定知无不言，言无不尽！至于下载和安装，小编就不在这里讲了，感兴趣的小伙伴可以去sourceforge网站下载