RegRNA网站是一个功能强大的在线分析RNA motif的工具，从RNA剪接位点、转录因子结合位点到miRNA结合位点的预测，通过该网站都能实现。环状RNA作为一类新的分子，在预测circRNA与miRNA结合位点的在线工具还不是很多，像Circular RNA Interactome等网站只能通过circRNA的circBase ID号进行预测。而通过高通量测序得到新的circRNAs序列没有对应circBase ID号时就无法进行预测了。RegRNA则从circRNA序列本身进行预测，很好解决了这个问题。RegRNA网站由台湾国立交通大学科学家建设和维护，目前已经升级到2.0版本，网址：http://regrna2.mbc.nctu.edu.tw/

本次介绍通过RegRNA 2.0网站预测环状RNA hsa-circ-0000284的miRNAs结合位点。

1、第一步点击菜单栏上的scan，跳转到scan界面。将hsa-circ-0000284的基因序列粘贴进网站第一个文本框中，需要注意的是序列格式。可以参考网站本身给出的example序列格式。

2.下拉网页找到RNA-RNA interaction region处，勾选miRNA Target Sites，这里默认的物种是 Homo sapines不需要更改，其他预测参数可以用默认的，也可以根据需要进行更改。

3.设置好各项参数后，点击submit，仅可进行预测。reset的功能是将上述预测参数进行重置，全部恢复至默认状态。

4.网站的预测速度一般很快，几秒钟后就会返回结果。下图是预测后的结果，包括示意图、预测到的可结合miRNAs信息及结合位点序列，还提供可下载的结果，非常方便。

5、点击预测结果中structrue下的放大镜标志，可查看具体miRNA结合位点的详细信息，包括RNA的二级结构信息等。

文章来源：美篇，一瓣橙色