计算模拟，有说没有用，只能算作湿实验的锦上添花，有说他很有用，可以节省成本，缩短周期。然而我认为至少他可以做出许许多多美丽的图片，It is an art.下面就看看精美的序列比对图如何做的吧。
如这篇文章的多序列比对图：

SH Sternberg et al. Nature 1-4 (2015) doi:10.1038/nature15544

进行氨基酸序列比对时，10条以内序列用经典的Clustal比对，如果序列更多可采用MUSCLE或MAFFT，网址链接里也有在线版本，相比clustal优点是速度快，准确度高。比对完成后生成序列比对文件，复制或下载，命名为…….aln。在Espript网站提交aln文件，以及结构文件，比对图中可生成二级结构。特别注意一点网页允许弹窗。

在这个界面设置字体大小，行间距，每行多少个序列等。

提交pdb文件，可以在序列比对结果中生成相应的二级结构比对。所有设置完成后点击SUBMIT，会弹出窗口，得到序列比对图。特别注意一点网页允许弹窗。在线版本在断网情况下，就没法做了，推荐一个本地安装版Aline，在win 7 64下没能成功安装，主要是没有成功安装perl 的Tk模块，linux下比较容易安装，这部分请参考
http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIwODEzMjU3MQ==&mid=2666445566&idx=1&sn=2344f92a01d5458743e8e50c964d7766&scene=1&srcid=0906qWZzhDk9mM6ZbMYXZYi7#rd

Fig.2 Sequence alignment was prepared with the program Aline
http://bondxray.org/software/aline.html

如果研究进化关系，有成百上千条序列呢？怎么用完美的图形表示呢？如下如所示：

YuanS, Filipek S, Vogel H. A Gating Mechanismof the Serotonin 5-HT 3 Receptor[J]. Structure, 2016, 24(5): 816-825.
所采用的工具呢，就是WebLogo http://weblogo.threeplusone.com/

这段区域是高度保守的区域，根据结构分析，同样属于催化活性中心，可以把催化三联体之一的Ser40突变为Thr40，活性中心侧链多一个甲基会有什么影响？可以定点突变试一下。
来源：公众号（生物研究生）