原创 Lucy 库基生物

circFNDC3B通过翻译蛋白调控结直肠癌的研究成果文章《A novel protein encoded by circFNDC3B inhibits tumor progression and EMT through regulating Snail in colon cancer》[1]于2020年4月初发表在《Molecular Cancer》(2019年因子10.679)上。
该文章主要介绍了circFNDC3B 能够翻译蛋白抑制结直肠癌的进展。

5.CookGen Biosciences Center, Guangzhou, China

那么问题来了

CircFNDC3B作为一个circRNA里的老生，成熟后参与编码的核苷酸数量为526nt，来源于3号染色体的第5和第6个外显子，在circBase里的编号为hsa_circ_0006156。在出席结直肠癌抑制会议前，已经在膀胱癌[2]、乳头状甲状腺癌[3]、肾癌[4]等疾病中打过酱油了，所以作为一个不是新生的CircFNDC3在结直肠癌中为什么又能继续引人关注呢？

原因是有人发现了其发挥功效的新功法，它在其他疾病中使用的招式都是吸星大法[sponge miRNA]，而这次在结直肠中，终于用了破茧成蝶的招式——翻译蛋白。

在做circRNA吸附miRNA一般是利用双荧光报告基因检测、RNA-pull down、FISH实验，那么做circRNA翻译蛋白起作用一般要用注意什么呢？

重点来了

第一

分析circRNA序列是否有翻译蛋白的潜能
这篇文章中利用了circRNADb网站
【http://reprod.njmu.edu.cn/circrnadb】
来分析CircFNDC3B的序列是否有开放阅读框，当然还有其他网站也可以预测circRNA是否可以编码蛋白，例如NCBI上ORF预测网址【https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/】

第二

分析circRNA序列是否有IRES元件
IRES（internal ribosome entry site）能够招募核糖体启动翻译，非帽依赖的mRNA可以通过IRES招募核糖体启动翻译，circRNA没有5’帽结构，circ-FBXW7、circPINTexon2等翻译蛋白就是通过IRES元件来启动翻译的[5, 6]，circFNDC3B同样也有IRES元件。预测序列是否有IRES元件的网址有
IRESbase：
【http://reprod.njmu.edu.cn/cgi-bin/iresbase/index.php】
RNAfold：
【http://rna.tbi.univie.ac.at//cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi】
IRESite：
【http://iresite.org/】

第三

检测circRNA翻译的特定蛋白
利用双荧光素酶检测系统验证circRNA能够通过IRES元件启动翻译，构建含circRNA翻译区域和全序列的质粒转染了相应表达细胞后，利用特定抗体和质谱技术检测编码蛋白的表达。

最后

证明circRNA是通过翻译蛋白起作用而不是circRNA本身起作用
需要构建circRNA的翻译突变的质粒，在目的细胞中过表达circRNA正常质粒和蛋白翻译突变的质粒，检测细胞功能和后续的分子机制改变，有条件的可以做动物上做功能实验。

工欲善其事必先利其器，研究circRNA先从认识circRNA研究网站开始吧！
References:

[1]. Pan, Z., et al., A novel protein encoded by circFNDC3B inhibits tumor progression and EMT through regulating Snail in colon cancer. Mol Cancer, 2020. 19(1): p. 71.

[2]. Liu, H., et al., Invasion-related circular RNA circFNDC3B inhibits bladder cancer progression through the miR-1178-3p/G3BP2/SRC/FAK axis. Mol Cancer, 2018. 17(1): p. 161.

[3]. Wu, G., et al., Circular RNA Profiling Reveals Exosomal circ_0006156 as a Novel Biomarker in Papillary Thyroid Cancer. Mol Ther Nucleic Acids, 2020. 19: p. 1134-1144.

[4]. Chen, T., et al., Circular RNA circFNDC3B protects renal carcinoma by miR-99a downregulation. J Cell Physiol, 2020. 235(5): p. 4399-4406.

[5]. Yang, Y., et al., Novel Role of FBXW7 Circular RNA in Repressing Glioma Tumorigenesis. J Natl Cancer Inst, 2018. 110(3).

[6]. Zhang, M., et al., A peptide encoded by circular form of LINC-PINT suppresses oncogenic transcriptional elongation in glioblastoma. Nat Commun, 2018. 9(1): p. 4475.