蛋白质二级结构的预测通常被认为是蛋白结构预测的第一步，二级结构是指α螺旋和β折叠等规则的蛋白质局部结构元件。不同的氨基酸残基对于形成不同的二级结构元件具有不同的倾向性。按蛋白质中二级结构的成分可以把球形蛋白分为全α蛋白、全β蛋白、α＋β蛋白和α/β蛋白等四个折叠类型。预测蛋白质二级结构的算法大多以已知三维结构和二级结构的蛋白质为依据，用过人工神经网络、遗传算法等技术构建预测方法。

基本的二级结构

α螺旋，β折叠， β转角，无规则卷曲（coils）以及模序（motif）等蛋白质局部结构组件。

分析方法

基于统计和机器学习方法进行预测：

• Chou-Fasman算法
• PHD算法
• 多序列列线预测
• 基于神经网络的序列预测
• 基于已有知识的预测方法（knowledge based method）
• 混合方法（hybrid system method）

PredictProtein工具简介

工具地址：
http://www.predictprotein.org/

• 可以获得功能预测、二级结构、基序、二硫键结构、结构域等许多蛋白质序列的结构信息。
• 该方法的平均准确率超过72%，最佳残基预测准确率达90%以上。因此，被视为蛋白质二级结构预测的标准。
• 用户需要注册ID、验证E-mail后，才能使用PredictProtein工具。

如何使用PredictProtein工具

PredictProtein提交界面

PredictProtein分析方法

重要的算法：

1. PROFsec（α螺旋，β折叠等基本二级结构预测）
2. PHDhtm（典型跨膜螺旋区预测）
3. ProSite（特征Motif识别方法）

PredictProtein分析结果详解

ProSite模体搜索结果：

二硫键位置预测结果：

PHD跨膜螺旋区预测结果：

PROF二级结构预测结果：

来源：基迪奥生物/网友“一心”