今天来介绍三个好用的工具,分别帮我们解决三个关键问题:
从疾病到ncRNA;
查询ncRNA的细胞定位;
查询RNA-RNA以及RNA-蛋白等互作模式。
1. 非编码RNA与疾病的数据库:MNDR v2.0
网址:http://www.rna-society.org/mndr/index.html
我们可以查询非编码RNA和疾病的关系,根据疾病、非编码RNA和物种浏览:
比如ALL:
就可以直接看到相关的非编码RNA:
也可以下载后查看。
2. 查询ncRNA的细胞定位: RNALocate
网址:http://www.rna-society.org/rnalocate/index.html
可搜索可浏览,比如搜索功能:
以lncRNA malat1为例搜索:
这里展示了MALAT1在各不同的组织里面的定位,还有细节信息,比如:
其中的sequence序列和network功能非常好用:
浏览功能同样强大,可根据定位、物种和RNA类型进行:
比如外泌体:
3. 查询RNA-RNA以及RNA-蛋白等互作模式:RAID v2.0
网址:http://www.rna-society.org/raid/index.html
同样搜索和浏览功能都很强大,比如浏览功能查看与lncRNA MALAT1作用的分子:
结果里面既有microRNA,又有蛋白:
并可以分别查看与microRNA和蛋白的结合序列:
MALAT1与hsa-miR-9-5p:
MALAT1与EZH2:
当然,浏览功能也很强大,根据作用类型、检测方法和物种都可以:
比如大家感兴趣的circRNA与microRNA结合:
lncRNA与蛋白/microRNA的结合:
根据实验手段和物种浏览我们就不介绍了:
ref:
MNDR v2.0: an updated resource of ncRNA-disease associations in mammals.Nucleic Acids Res. 2017 Nov 2.
RNALocate: a resource for RNA subcellular localizations.Nucleic Acids Res. 2017 Jan 4;45(D1):D135-D138.
RAID v2.0: an updated resource of RNA-associated interactions across organisms.Nucleic Acids Res. 2017 Jan 4;45(D1):D115-D118.
来源:小张聊科研
来第一个抢占沙发评论吧!