关于circRNA今年5-10范围的文章，我们前天给大家介绍了两种模式：一种是表达谱类型的文章，还有一种是circRNA作为ceRNA吸附miRNA调控靶基因和通路发挥功能（研究环状circRNA发5-10分的杂志，是不是很容易？），今天我们来看过10分的文章是怎么做的。

1. 跳出ceRNA机制，从cirRNA与蛋白或者DNA结合研究下游功能。就像miRNA或者lncRNA一样，在筛选确定某个有功能的新分子以后，一般先围绕这个circRNA如何调控下游的靶基因和通路来说明这个新分子是怎样发挥功能的，所以做下游是最常见的思路，而circRNA在做下游机制的时候最容易想到的是吸附miRNA这个思路，这个套路大家是最熟悉的；其实，circRNA还可以与蛋白结合、与DNA结合，因此与蛋白结合的研究（如去年的文章Foxo3 circular RNA retards cell cycleprogression via forming ternary complexes with p21 and CDK2. Nucleic Acids Res. 2016 Apr 07 ;44(6) ）以及与DNA结合的研究（如A circRNA from SEPALLATA3 regulates splicing of its cognate mRNA through R-loop formation.Nat Plants 2017 Apr 18 ;3）。

circRNA与蛋白的结合

circRNA与DNA的结合

2. 围绕circRNA的产生或者上游展开。

既然有下游，那就有上游。对circRNA来说，本身的产生（biogenesis）就是一个比较有意思的问题，既然circRNA和mRNA是剪接方式的不同产生的：

在各种生理和病理状态下，其异常的高低表达也是一个问题，研究主要围绕剪接过程中的异常展开。比如：
The Output of Protein-Coding Genes Shifts to Circular RNAs When the Pre-mRNA Processing Machinery Is Limiting.Mol. Cell 2017 Nov 09

剪接体（spliceosome）或转录终止因子影响mRNA和circRNA的平衡）

Coordinated circRNA Biogenesis and Function with NF90/NF110 in Viral Infection.Mol. Cell 2017 Jul 20 ;67(2)
RBM20 Regulates Circular RNA Production From the Titin Gene.Circ. Res. 2016 Oct 14 ;119(9)

FUS affects circular RNA expression in murine embryonic stem cell-derived motor neurons.Nat Commun 2017 Mar 30 ;8
The circular RNA circBIRC6 participates in the molecular circuitry controlling human pluripotency.Nat Commun 2017 Oct 27 ;8(1)（这篇文章circRNA的上下游都有）

3. 研究circRNA的蛋白翻译。

circRNA按照定义来说，可以归属为lncRNA的范畴，前面我们也介绍过非编码RNA能编码蛋白的研究，既然要发高分文章，狗咬人不稀奇，人咬狗才有创意，母鸡下蛋不稀奇，公鸡下蛋才能上新闻：

比如：
Novel Role of FBXW7 Circular RNA in Repressing Glioma Tumorigenesis.Natl. Cancer Inst. 2018 Mar 01 ;110(3)
Circ-ZNF609 Is a Circular RNA that Can Be Translated and Functions in Myogenesis.Mol. Cell 2017 Apr 06 ;66(1)

Translation of CircRNAs.Mol. Cell 2017 Apr 06 ;66(1)

当然，还有一个就是RNA甲基化修饰影响circRNA的翻译过程，比如：
Extensive translation of circular RNAs driven by N6-methyladenosine.Cell Res. 2017 May ;27(5)

如果大家对circRNA蛋白感兴趣，也可以使用CircPro：

文章：小张聊科研