circlncRNAnet: An integrated web-based resource for mapping functional networks of long or circular forms of non-coding RNAs

Gigascience 2017.11.29

app：http://app.cgu.edu.tw/circlnc/

一、简介

lncRNA和circRNA 虽然并不编码蛋白，但是其在基因调控中起到重要的作用。

这些非编码RNA通常通过表观修饰和转录后调控行驶功能。

考虑到他们靶基因的广泛性，因此深入的了解他们必须建立在更为整合的数据基础上。

今天给大家推荐一个研究神器circlncRNAnet,可以实现对ncRNA的一站式操作，文章今年11月29日发表在Gigascience上，作者单位是台湾长庚纪念医院。

二、数据和功能

1、数据输入

数据上传部分有两个单独的页面（lncRNA、circRNA），用户可以上传用featureCounts生成的以tab分割的RNA原始read count文件。另外指定样本的条件文件。

lncRNA上传文件页面示例

circRNA上传示例

当你成功的上传一个文件之后，后台会自动进行格式转化，差异表达分析，蛋白互作网络分析，并且自动生成报告，并显示进度条。

2、分析模块介绍

Analytic module #1：coding–non-coding co-expression (CNC) network profiling

数据上传之后会首先调用DESeq2进行差异表达分析，这里需要用户指定fold change值和p-value值。

然后利用WGCNA包进行计算差异的circRNA或者lncRNA与用户上传的所有的基因的皮尔逊相关系数。相关性较高的基因将会进行通路富集分析。

Analytic module #2: RBP interactome mapping

由于lncRNAs经常会与一些RNA绑定蛋白或者染色体修饰蛋白相关，因此为了深入的研究这一部分。

我们利用MEME预测RBP binding motifs，然后从GENCODE中得到所有的lncRNA的序列，然后利用FIMO进行寻找RBP绑定位点，同时我们还整合了PIP-seq数据。

Analytic module #3: ceRNA networking

在线做ceRNA网络，想想都激动。

为了实现这个功能，我们在服务器上安装了一个基于序列的分析lncRNA miRNA海绵结构的工具。考虑到miRNA3端匹配不好的问题，我们还利用三种不同的miRNA靶基因预测工具来进行预测。(RNAhybrid, miRanda and TarPmiR)

Analytic module #4: Multi-tier regulatory hierarchy

分析模块4可以实现ncRNA-miRNA-mRNAs 分级调控，会生成一个二级网络。

三、开发语言和项目概况

Project name: circlncRNAnet

Project home page: http://app.cgu.edu.tw/circlnc/ [72],

https://github.com/smw1414/circlncRNAnet [73]

Operating system(s): Platform independent

Programming language: PHP, JavaScript, R, R shiny and Shell script

Other requirements: JavaScript supporting web browser

License: GPLv3

Research Resource Identifier: circlncRNAnet, RRID:SCR_015794

三、网站可以做的功能总览

四、示例展示

除了上传自己的数据之外，网站还与TCGA数据库实现共享（不知道是不是实时的）

目前有20中癌型，大家可以上去点一点试一试。

看看有没有样本信息，如果没有就是用的TCGA中所有的信息喽。（这里我没找到线索，或者有，我没看到。）

选择某个癌型，然后经过筛选P和FC进行筛选差异

点击，自动进行共表达网络构建

更多牛叉的功能，等着你自己去发现，当然这一个网站可能不能实现你所有的分析

文章：生信人（微信公众号）