今年以来，国内环状RNA（circRNA）的研究热潮不断升温，越来越多的circRNA如春笋般涌现出来。由于circRNA的结构特殊性，如何采用定量PCR技术对circRNA平行验证成为当下一个热点问题。今天，小编邀请技术部的刘建宁老师继续为大家实例讲解circRNA的引物设计。由于内容丰富，circRNA的引物设计将分上下两篇呈现给大家。
言归正传，我们以环状RNA数据库circbase（http://circbase.org/）中收录的hsa_circ_0063162为例，为小伙伴详细介绍从circRNA序列获取到引物设计的全过程。马上动手试试吧！
CircRNA信息查找
首先访问circbase数据库（http://circbase.org/），如下图所示。
在Search上方的框中输入：hsa_circ_0063162，点击Search进行查找，查找结果如下图示。
CircRNA序列下载
3．点击position (genome browser link)
项目下的“chr22:36889679-36889850”，操作界面会跳转至UCSC数据库，界面如下图所示。
4．点击界面左方
has_circ_0063162
has_circ_0063163
按钮，会打开新的界面，如下图所示。
5．点击View DNA for this teature(hg19/Human) 按钮，进入序列下载界面，如下图所示。
6．按照默认参数，点击get DNA按钮获取序列，进入界面如下图所示。
7．将序列复制粘贴至记事本（.txt）中即获取了所需的circRNA序列信息。小伙伴你会了吗？试试获取其他的circRNA序列吧！
如此获得的序列到底是DNA的还是反向互补RNA的序列？
就是circRNA的序列
那平时说的circRNA序列的大小是指基因组中的序列长度，还是剪接后的序列长度啊？着急
为什么circRNA序列的碱基是T而不是U呢
就是circRNA的序列
请问这样获得的是环状RNA的DNA序列么，还有预测他的结合miRNA是不是就可以直接用这个序列到RegRNA2.0去预测
就是circRNA的序列,可以用这个序列去预测mIRNA和circRNA结合位点
您好！我想问一下，利用你上述的方法获取到的序列是genomic length，有些很长10000多吧，但它的Spliced sequence length大概只有700，这个700是只包含外显子的长度吗，请问要如何获取长度为700的序列啊，求大神指导
获取序列的方法可以看链接 http://www.hzrna.com/119.html 这篇文章。genomic length是circRNA来源于基因的长度，700是剪切后circRNA长度，是含外显子、内含子还是二者都有的，要分析下序列，可以看USCC
谢谢啦~
这个链接打不开呀，如何获得Spliced sequence length的序列，求指导
点击fasta就可以下载该circRNA Spliced sequence length的序列
好的 谢谢