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circRNA ：科研领域最火热的明星RNA

外显子反向剪接来源的环形RNA是一类不具有5’末端帽子和3’末端poly(A)尾巴、却以共价键形成闭环结构的RNA新分子，主要由RNA聚合酶II转录产生的前体RNA通过反向剪接产生。

越来越多的研究揭示了一些环形RNA可以通过不同的分子机制参与到细胞或个体正常的生命活动中，包括miRNA和蛋白质的分子海绵、影响RNA转录、干扰RNA前体的正常剪接，甚至可以通过翻译产生多肽等。

尽管大部分环形RNA的功能不详，但目前circRNA研究都主要集中在对miRNA和mRNA/lncRNA，以及蛋白质的功能调控方面。目前还甚少有以circRNA作为靶分子，研究上游转录分子对circRNA的调控机制。

我先斗胆猜测：对circRNA上游转录调控机制研究，必将是circRNA未来下一个热点研究方向！

8月1日出版的Cancer Research以封面形式报道了南开大学药学院杨诚教授课题组研究成果。其中，就发现转录因子Twist1介导的功能性间充质标志物Vimentin的表达，但并不依赖于直接的转录调节，而这里就是通过一种circRNA发挥作用。

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转录因子Twist1促进Cul2 circRNA转录，通过其吸附靶向Vimentin的miRNA，提高Vimentin表达量，从而促进肝癌肿瘤上皮-间充质转变(EMT)。

→Twist1通路中肝癌细胞的上皮表型。

大名鼎鼎的EMT蛋白Twist1转录因子，一直是在间充质分化中起着至关重要的作用。其能结合在circRNA的启动子区域，通过调控circRNA更多吸附多个miRNA，进而促使Vimentin的表达上调的。

但今天想讲的并不是这篇文章的研究思路……

而是如何查找某个circRNA的转录调控因子？

如何查找调控circRNA表达的转录因子？

正式进入今天的主题

今天就介绍环状RNA的转录调控数据库，它可以便捷地检索、浏览和可视化circRNAs的转录调控信息，包括转录因子，甲基化和增强子。

对这个TRCirc数据库作以简单介绍

TRCirc数据库原理及优势

该数据库整合了circBase和ENCODE两个数据库信息，以及其中ChIP-seq、RNA-seq，还有450K甲基化芯片的数据集，可以研究和分析多种细胞的circRNAs转录调控信息。

在这里，如果circRNA的调控区域内至少对应转录因子的一个结合峰，那么就认为其能被这个转录因子调控。这里的circRNA的调控区域包含了转录起始位点的上游2000bp，以及下游1000bp的区域 (−2 kb/+1 kb)。另外，还特别考虑了其他可能的调控区域，比如30 kb/+2 kb、20 kb/+1 kb和10 kb/+1 kb。

数据库的原理和功能

92,375 个circRNA

161 种转录因子 (Transcription Factors, TF)

91 个细胞系

765,303 种 TF–circRNA 调控关系 (TSS附近)

还包括DNA甲基化、超级增强子和RNA表达的信息

搜索和结果查询界面

搜索和查询结果的综合视图

高级搜索的强大功能

访问人员可以使用“高级搜索”功能，搜索和浏览每个circRNA的全面调控信息，选择感兴趣的circRNA、细胞类型、转录因子、以及调控区域位置。

可视化 TF-circRNAs调控网络和表达水平

创建者为了帮助访问者更好地理解TF-circRNA的调控关系关系，还提供了TF-circRNA调控关系和circRNA的表达量数据的可视化功能。除了直观了解TFs-circRNA的交互网络还可以查询每种细胞系中特定circRNA的RPKM表达量数据。

JBrowse浏览

该功能实现了circRNA的转录调控信息的可视化，包括转录因子结合位点TFBS、增强子和SNP相对位置，一目了然。

参考文献：1. Twist1 Regulates Vimentin through Cul2 Circular RNA to Promote EMT in Hepatocellular Carcinoma. Cancer Res. 2018 Aug 1;78(15):4150-4162.

2. TRCirc: a resource for transcriptional regulation information of circRNAs. Brief Bioinform. 2018 Sep 3.